影响反渗透除盐效果的主要因素包括以下几种：
操作条件：包括压力、浓水流量、回收率、水温和pH值。分离度随操作压力和浓水流量递增，随回收率和水温递减。降低给水pH值会使CO2分率增加，因为CO2容易透过膜，导致淡水电导率升高。
污染程度：膜被水垢、生物黏泥、铁铝硅化合物等污染后，分离性能会变差。
溶液特性：包括溶质的尺寸、电荷、电离度、极性和支链数，以及溶质浓度。一般而言，水化半径大、电荷多、电离度高、极性强、支链多的溶质除去率高。在含盐量较低的范围内，除盐率随含盐量递增；在含盐量较高的范围内，除盐率随含盐量递减。
膜特性：孔径小、介电常数低的膜分离效果好；膜厚度对分离效果无影响。
离子价数：脱盐率随着离子价数的增加而提高，二价、三价盐的脱盐率高于单价盐。
分子大小：脱盐率随分子直径的增加而提高。
原水温度：原水温度升高时，水的粘度降低，脱盐率提高。
原水浓度：原水浓度提高时，脱盐率下降。
工作压力：工作压力提高时，脱盐率有所提高但不明显。
pH值：酸性条件下虽然膜不容易堵塞，但脱盐率要有所下降。
溶解气体：可溶解性气体在游离状态下容易渗透而不脱除CO2、SO2、O2、Cl2、H2S等。
有机物质：水中的有机物对膜有污染作用，有机物越多膜的性能越易变坏。
水的硬度：水的硬度越高膜越容易堵塞，对于高硬度水应先软化处理，降低硬度再进反渗透。
固体颗粒：固体颗粒对反渗透膜的危害极大，必须进行预处理。
微生物：水中的微生物、细菌对膜有危害，必须进行预处理。
氧化物：金属氧化物进入反渗透不能自行清除，应定期化学药物清除。
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